Em 1640, a Ordem Franciscana chega a São Paulo, instalando-se na Capela de Santo Antônio, onde atualmente se encontra a Praça Patriarca. Os frades mudaram-se para o atual Largo de São Francisco, inaugurando seu convento em 17 de setembro de 1647. 

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    Aproximadamente cem anos depois, foi criada a capela da Ordem Terceira da Penitência, também dedicada a São Francisco e interligada à igreja construída anteriormente por meio de um arco.

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    Em 1827, a mando de Dom Pedro I, uma sala que, até então, era a sacristia da igreja da Ordem Franciscana, foi cedida para o funcionamento da Faculdade de Direito. Todavia, logo depois, a faculdade acabou ocupando totalmente o convento e, com isso, os franciscanos se mudaram para outro convento, situado em Itu. Encerradas as atividades no local, os frades doaram uma biblioteca com cerca de 5 mil livros para a Faculdade de Direito, hoje integrada à Universidade de São Paulo.

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    Atualmente, a igreja remanescente no Largo de São Francisco é a da Ordem Terceira. No seu interior vê-se pinturas com cenas da vida de São Francisco e seu voto de pobreza. Sua arquitetura caracteriza-se pela simplicidade, tanto na torre baixa como na fachada que, em 1844, foi reformada seguindo os padrões barrocos.

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   Uma das maneiras de disseminar a religiosidade para a população colonial eram as festas públicas oferecidas pela Igreja. Muitas dessas festas ou comemorações, tais como missas cantadas e sermões, eram dedicadas a Nossa Senhora da Conceição, padroeira de Portugal, uma forma de frisar o pertencimento da colônia à Coroa portuguesa.

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    Vale lembrar a importância do Largo de São Francisco como um lugar de manifestações religiosas e políticas até os dias de hoje.